白鹿洞名稱的來源,據(jù)傳,洞初開拓時,在這里建閣奉祀理學(xué)家朱熹。因朱熹嘗在江西廬山建白鹿洞講學(xué),遂取名白鹿洞。后人在石洞中雕造一只白鹿,加以傳說美化,因此有“白鹿銜煙”的傳稱,列為廈門“小八景”之一。
白鹿洞創(chuàng)建于清康熙四十四年(1704)甲申,開山祖師為葦江老和尚。
據(jù)《廈門志》記載:“白鹿左右多崩崖立石,中有亭樹掩映,舊建有大觀園、宛在洞、接因亭。清乾隆二十八年間(公元一七六三年),再拓六合洞、朝天洞、銜山亭?!?白鹿洞寺左側(cè),清初建有玉屏?xí)?,歷來存在有“琳宮梵宇與書院黌舍爭地”的矛盾,乾隆十六年(一七六一年),廈門海防同知白瀛曾有“逐僧徒,遷佛像”、“拆舊屋,建講堂”之舉,使寺巖一度受到破壞,直至道光、咸豐年間,書院萎縮衰落,佛寺才得重興。
清末民初先后重修、擴建寺宇,由覺斌和尚住持。后覺斌就任南普陀寺都監(jiān),由妙廉繼任。建國后,1958年部隊借住寺宇,曾對寺宇進行重修。1988年由旅居香港的元果法師集資興修,擴建殿堂樓閣,新塑諸佛菩薩金像,鋪砌石級、石欄。裝修樓臺亭閣,寺容寺貌,煥然一新,現(xiàn)住僧眾十余人,儼然為一莊嚴(yán)宏偉的佛教道場。
白鹿洞寺歷盡滄桑,幾度荒廢。如今由于寺前臺階陡峭、交錯不接,客堂建筑年久,導(dǎo)致地基松動,墻體出現(xiàn)裂縫,房梁木頭遭白蟻侵蝕,房屋存在安全隱患。現(xiàn)任住持為常學(xué)法師。