深圳港將形成“兩翼、六區(qū)、三主”的總體格局：

“兩翼”指東、西部兩大港口群。

“六區(qū)”指東部的鹽田、大鵬港區(qū)和西部的南山、大鏟灣、大小鏟島和寶安港區(qū)。

“三主”指以集裝箱運輸為重點、體現(xiàn)深圳港核心競爭力的鹽田、南山和大鏟灣三大主體港區(qū)。

根據(jù)港區(qū)資源條件和發(fā)展?jié)摿?，結(jié)合城市總體規(guī)劃，各港區(qū)的功能分工如下：

南山港區(qū)：是集裝箱干線港的重要組成部分，依托集裝箱運輸發(fā)展現(xiàn)代物流，兼具郵輪、旅客和散、雜貨運輸及修造船等多功能的綜合性港區(qū)。

大鏟灣港區(qū)：是集裝箱干線港的重要組成部分，依托集裝箱運輸發(fā)展現(xiàn)代物流。

大小鏟島港區(qū)：以成品油和液體化工品運輸為主。

寶安港區(qū)：以散、雜貨運輸和旅客運輸為主，適度發(fā)展集裝箱駁船運輸。

鹽田港區(qū)：是集裝箱干線港的重要組成部分，依托集裝箱運輸發(fā)展現(xiàn)代物流。

大鵬港區(qū)：以成品油、液體化工品、液化氣運輸為主，兼顧水上旅游客運功能，是深圳港東部能源儲運基地。