今惠州市境列入全國行政區(qū)劃始于秦代。元代實行行省轄路。1279年（元至元十六年）改惠州為惠州路，仍轄4縣。明初政區(qū)因襲元制。1368年（明洪武元年），改惠州路為惠州府，轄歸善、博羅、海豐、河源等4縣。清代基本沿明制。1958年4月，惠陽縣析惠州鎮(zhèn)置惠州市（縣級）、析縣東部置惠東縣。1988年1月7日，國務院批準撤銷惠陽地區(qū)建制，分設惠州、東莞、汕尾、河源4個地級市。

截至2023年12月31日，惠州市轄下有的行政區(qū)域有惠城區(qū)、惠陽區(qū)和惠東、博羅、龍門共2區(qū)3縣。