（1）畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機肥含鹽分較重、易使土壤鹽化，升高土壤鹽濃度，提高營養(yǎng)元素對農(nóng)作物的肥效臨界點，增大施肥量。嚴(yán)重時會導(dǎo)致種子不發(fā)芽、燒苗、燒根。

（2）畜禽糞肥的氮是以尿酸形態(tài)氮為主，尿酸鹽不能直接被作物吸收利用，它在土壤中分解時消耗大量的氧氣，釋放出二氧化碳氣，故易傷害作物根部。

（3）畜禽糞肥中可以檢出芽胞桿菌屬、大腸桿菌以及十多個屬的真菌和一些寄生蟲等，自身帶較多病菌、蟲卵，還易引病蟲害。

（4）部分畜禽糞肥存在著微量元素含量超標(biāo)的問題。在畜禽飼料中，由于大量添加銅、鐵、鋅、錳、鈷、硒和碘等微量元素，使得許多未被畜禽吸收的微量元素積累在畜禽糞便中。根據(jù)有關(guān)單位調(diào)查，一些大中型畜禽養(yǎng)殖場所使用的飼料中，重金屬污染比較嚴(yán)重，銅、鋅、鉻、鉛和鎘的含量普遍超過國家飼料衛(wèi)生標(biāo)準(zhǔn)或無公害生產(chǎn)飼料標(biāo)準(zhǔn)，尤其砷和汞等毒害元素也個別超標(biāo)。

（5）大部分畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機肥呈酸性，易生病菌，須用石灰中和，致土壤板結(jié)；

（6）畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機肥肥性較熱，在高溫天氣使用，易燒苗燒根；

（7）畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機肥需要堆漚腐熟后使用、人工多，周期長；

（8）畜禽糞肥或以畜禽糞肥為主要原料的有機肥因雜質(zhì)較多，純度偏差極大，含量極不穩(wěn)定，無法保證施用養(yǎng)分含量及效果。