天智朝八年(669年),中臣鐮足死,天智天皇以其參與大化改革之功,賜姓藤原朝臣,是本姓之始。其后文武天皇詔,只準(zhǔn)其子不比等姓藤原。壬申之亂后,不比等參加撰修律令,營(yíng)造平城京,創(chuàng)下政治基礎(chǔ)。其女光明子立為皇后,開(kāi)藤原氏一族立后之端。不比等有四子:武智麻呂(南家)、房前(北家)、宇合(式家)、麻呂(京家),是律令制下政治勢(shì)力強(qiáng)大的四家。其后三家在爭(zhēng)權(quán)中失勢(shì),只北家獨(dú)榮不衰。到藤原良房時(shí),以外戚出任攝關(guān)職,以攝政或關(guān)白之名義長(zhǎng)期左右朝政,稱為攝關(guān)政治,是北家的全盛時(shí)期,并確立攝政關(guān)白由北家嫡流出任的傳統(tǒng)。及至道長(zhǎng)當(dāng)政以后,藤原氏專權(quán)達(dá)于極盛期。此期間藤原氏以外戚干政,為所欲為,二后并立,四女三妃。東宮立妃,幼小天皇常住其家。攝政、關(guān)白、太政大臣、左右大臣之職為藤原氏一族獨(dú)霸,形成攝關(guān)政治特殊體制。北家嫡流(被稱為攝關(guān)家)在平安時(shí)代末期分為近衛(wèi)、松殿、九條三家。
寬治元年(1087年),院政開(kāi)始,實(shí)權(quán)轉(zhuǎn)入院政,藤原氏勢(shì)力稍衰,形式上攝關(guān)職仍由藤原氏一家出任。平氏興起,武士開(kāi)始執(zhí)政,藤原氏的攝關(guān)政治體制名存實(shí)亡。在鐮倉(cāng)時(shí)代由近衛(wèi)家分出鷹司家,由九條家分出二條家和一條家,近衛(wèi)、鷹司、九條、二條、一條被稱為五攝家,交替出任攝關(guān)職,直至江戶末期,但攝關(guān)職已與政權(quán)無(wú)關(guān)系。
明治維新后,五攝家列為華族之首獲公爵稱號(hào)。藤原氏一族在政壇上活躍近一千年。不過(guò)在明治時(shí)代,因?yàn)樘旎氏铝钏腥嗣穸家幸粋€(gè)姓氏,有部份地區(qū)人改姓藤原,但這些人物與歷史上真正的藤原氏無(wú)關(guān),在藤原氏頗為普遍。