1961年-1976年,擔任江蘇省高郵市人民醫(yī)院醫(yī)師。
1977年-1978年,擔任江蘇省高郵市中醫(yī)院醫(yī)師。
1978年-1980年,就讀于中國中醫(yī)研究院(現(xiàn)中國中醫(yī)科學院)中醫(yī)學專業(yè),畢業(yè)并獲得碩士學位。
1980年-1985年,擔任中國中醫(yī)科學院研究生部教研室主任。
1984年7月,加入中國共產(chǎn)黨。
1985年-1990年,擔任中國中醫(yī)科學院研究生部副主任。
1989年-1990年,擔任比利時歐洲中醫(yī)大學副研究員。
1991年-1994年,擔任中國中醫(yī)科學院研究生部副主任。
1994年-2001年,擔任中國中醫(yī)藥報社副總編,中國中醫(yī)科學院西苑醫(yī)院專家門診。
2001年-2010年,擔任北京中醫(yī)藥大學中醫(yī)學院(原基礎(chǔ)醫(yī)學院)中醫(yī)體質(zhì)與生殖醫(yī)學研究中心主任。
2017年12月,北京中醫(yī)藥大學國家中醫(yī)體質(zhì)與治未病研究院成立,擔任首任院長。
2019年11月,當選為中國工程院院士。
2020年,被聘為中國醫(yī)學科學院學術(shù)咨詢委員會學部委員。
2025年2月9日,創(chuàng)辦的國醫(yī)大師傳承工作室在大連市婦女兒童醫(yī)療中心(集團)正式揭牌。
根據(jù)2022年2月中國工程院網(wǎng)站顯示,王琦從事中醫(yī)體質(zhì)研究41年,發(fā)現(xiàn)中國人九種體質(zhì)類型及體質(zhì)和疾病相關(guān)性。創(chuàng)立中醫(yī)體質(zhì)學新學科,制定中國首部體質(zhì)分類行業(yè)標準,創(chuàng)建體質(zhì)辨識法,為中醫(yī)科學創(chuàng)新成果進入國家公共衛(wèi)生體系的歷史性突破。開創(chuàng)中醫(yī)男科學,首創(chuàng)調(diào)整體質(zhì)治療男性不育、男性勃起功能障礙等疾病,研發(fā)國家三類新藥2項。
根據(jù)2022年2月中國工程院網(wǎng)站顯示,王琦先后以第一或通信作者發(fā)表中英文論文430余篇。
根據(jù)2022年2月中國工程院網(wǎng)站顯示,王琦先后主持國家級課題15項,并擔任“973”項目首席科學家。
根據(jù)2022年2月中國工程院網(wǎng)站顯示,王琦先后以第一完成人獲得國家科技進步獎二等獎1項,省部級一等獎9項;國家發(fā)明專利18項,研發(fā)國家新藥2項。
王琦中醫(yī)藥理論造詣深厚,學術(shù)成就卓越,在中醫(yī)藥行業(yè)內(nèi)具有重大影響力,為中國中醫(yī)藥事業(yè)發(fā)展作出了突出貢獻。(時任珠海市人民政府副市長閻武評)
王琦是中醫(yī)體質(zhì)學創(chuàng)始人,男科學創(chuàng)始人、學科帶頭人,是國家級重點學科中醫(yī)基礎(chǔ)理論學科帶頭人。(南方醫(yī)科大學中醫(yī)藥學院評)
1997年,第二批全國名老中醫(yī)藥專家。
2013年,全國優(yōu)秀科技工作者。
2013年,首都勞動獎?wù)隆?/p>
2013年,全國五一勞動獎?wù)隆?/p>
2013年,何梁何利基金科學與技術(shù)進步獎。
2014年,中華中醫(yī)藥學會終身成就獎。
2014年,香港浸會大學榮譽教授。
2014年,澳門科技大學榮譽教授。
2014年,第二屆國醫(yī)大師。
2018年,中國(澳門)中華中醫(yī)藥杰出貢獻終身成就獎。
2019年,全國中醫(yī)藥杰出貢獻獎。
2019年,慶祝中華人民共和國成立70周年紀念章。
2019年,中國工程院院士。
2020年,北京高校優(yōu)秀共產(chǎn)黨員。
2020年,北京市抗擊新冠肺炎疫情先進個人。
2020年,中華中醫(yī)藥學會中醫(yī)藥年度科普特別人物。
2020年,中國醫(yī)學科學院學術(shù)咨詢委員會學部委員。
2021年,首都精神文明建設(shè)獎。
2021年,第八屆樹蘭醫(yī)學獎。
王琦中醫(yī)藥理論造詣深厚,學術(shù)成就卓越,在中醫(yī)藥行業(yè)內(nèi)具有重大影響力,為中國中醫(yī)藥事業(yè)發(fā)展作出了突出貢獻。(時任珠海市人民政府副市長閻武評)
王琦是中醫(yī)體質(zhì)學創(chuàng)始人,男科學創(chuàng)始人、學科帶頭人,是國家級重點學科中醫(yī)基礎(chǔ)理論學科帶頭人。(南方醫(yī)科大學中醫(yī)藥學院評)