1994年,參加全國青少年錦標賽,獲得個人首個男單冠軍,并被中國乒乓球男隊主教練蔡振華看中,進入國家二隊。
1996年,參加乒乓球亞洲杯比賽,獲得男單項目冠軍,同年,進入中國國家乒乓球一隊,師從吳敬平教練。
1997年10月,參加第八屆全運會,在男團項目、男單項目中獲得冠軍。
1998年6月,參加馬來西亞乒乓球公開賽,獲男單冠軍。同月,參加在日本舉行的“荻村杯”全日本乒乓球公開賽,獲男雙冠軍。參加第十四屆亞洲乒乓球錦標賽,與隊友合作,獲男子團體冠軍,與劉國梁合作,獲男雙冠軍。參加第十四屆亞洲乒乓球錦標賽,獲男子團體冠軍,獲男雙冠軍。
1999年1月,參加國際乒乓球職業(yè)巡回賽總決賽,獲男雙亞軍。同年,參加第45屆世界乒乓球錦標賽,男單項目中,收獲亞軍?;祀p項目中,收獲個人第一個世界冠軍。
2000年,首次參加世乒賽團體賽,獲得亞軍。同年,參加第21屆乒乓球世界杯,決賽中,以3-0戰(zhàn)勝金澤洙,收獲冠軍。
2001年,參加大阪世乒賽,在男團決賽中獲得世乒賽男團冠軍。同年,還獲得國際乒聯(lián)巡回賽總決賽男單冠軍。
2002年,參加國際乒聯(lián)職業(yè)巡回賽總決賽,男雙項目中,獲得冠軍。
5月,參加第47屆世乒賽,混雙項目中,奪得混雙赫杜塞克杯。10月,參加乒乓球世界杯,男單項目中,獲得世界冠軍。12月,出戰(zhàn)國際乒聯(lián)巡回賽總決賽男雙項目上,奪得冠軍。
2004年3月,參加第47屆世乒賽男團決賽,獲得男團項目冠軍。8月,參加雅典奧運會,男雙項目中,獲得個人首枚奧運會金牌。10月,參加2004年乒乓球世界杯比賽,成功衛(wèi)冕。12月,參加國際乒聯(lián)職業(yè)巡回賽總決賽,男雙項目中,獲得冠軍。
2006年5月,參加第48屆世乒賽男團決賽,實現(xiàn)世乒賽男團三連冠。10月在乒乓球男子世界杯男單決賽中,獲得世界杯冠軍。12月,出戰(zhàn)多哈亞運會,男團決賽中,獲得男團項目冠軍。單項項目中,獲得混雙冠軍。
2007年5月,參加第49屆乒乓球世錦賽,男雙決賽中,職業(yè)生涯首度獲得世乒賽男雙冠軍。10月,跟隨中國隊奪得第5屆乒乓球世界杯男團項目冠軍。12月,參加國際乒聯(lián)巡回賽總決賽,男單決賽中,獲得冠軍。
2008年3月,參加第49屆世乒賽團體賽,獲得冠軍。8月,北京奧運會乒乓球男團決賽中,獲得男團項目金牌。男單項目中,收獲個人職業(yè)生涯首枚奧運會男單金牌。
2010年5月,參加世乒賽男團決賽,獲得男團冠軍。11月,參加廣州亞運會,奪得男團冠軍。
2011年8月,入選國際乒聯(lián)名人堂。
2012年,參加第20屆亞洲乒乓球錦標賽,獲得男團冠軍。
2014年8月,正式宣布退役。
2014年5月,出任廣東省乒乓球隊總教練。
2017年4月,重返國家隊,擔任國乒男一隊教練員
2019年2月,出任國乒女一隊組長。
2021年,第一次帶隊參加奧運會,除指導(dǎo)劉詩雯和陳夢外,還擔任混雙項目主管教練。在女單項目中,弟子陳夢首次奪得奧運會冠軍。
2022年12月,正式成為中國國家女子乒乓球隊主教練。
2024年7月13日,擔任巴黎奧運會中國體育代表團乒乓球項目教練。
2008年,北京奧運會男子團體冠軍。
2008年,北京奧運會男子單打冠軍。
2004年,雅典奧運會男子雙打冠軍。
2013年,單項世乒賽男子雙打亞軍。
2012年,團體世乒賽男子團體冠軍。
2011年,單項世乒賽男子雙打亞軍。
2010年,團體世乒賽男子團體冠軍。
2008年,團體世乒賽男子團體冠軍。
2007年,單項世乒賽混合雙打亞軍。
2007年,單項世乒賽男子單打亞軍。
2007年,單項世乒賽男子雙打冠軍。
2006年,團體世乒賽男子團體冠軍。
2005年,單項世乒賽男子單打亞軍。
2004年,團體世乒賽男子團體冠軍。
2003年,單項世乒賽混合雙打冠軍。
2001年,世乒賽男子團體冠軍。
2000年,世乒賽男子團體亞軍。
1999年,世乒賽男子單打亞軍。
1999年,世乒賽混合雙打冠軍。
2011年,乒乓球世界杯男子團體冠軍。
2007年,乒乓球世界杯男子團體冠軍。
2006年,乒乓球世界杯男子單打冠軍。
2004年,乒乓球世界杯男子單打冠軍。
2003年,乒乓球世界杯男子單打冠軍。
2000年,乒乓球世界杯男子單打冠軍。
馬琳是現(xiàn)役國手中打球最善于動腦子的選手,對手的奇招往往堅持不了多久就被他的新策略擊退。(中國新聞網(wǎng) 評)
馬琳是那種想的很多的人,對冠軍很要的人,但是相比王皓,馬琳大氣不足。馬琳是個想的很細的人,有時候他可能比我們教練組都要想得多。所以在管理馬琳的過程中是非常有意思的,感覺你是在和他博弈,某種程度上需要教練和他斗智斗勇,得有點水平,有些技巧。有些話是要點給他,有些話是要刺激他的。(國乒主教練劉國梁 評)
打球方面,馬琳悟性最好,他對球、對對手琢磨的很透。馬琳技術(shù)上幾乎只靠正手,所以他能這么多年一直站在世界超一流選手之列,如果沒有過人的智慧還有過硬的心理素質(zhì)是絕對不可能的。(中國乒乓球隊男隊教練吳敬平 評)