綽墩遺址新石器時代文化堆積延續(xù)時間長,包含了馬家浜文化(公元前5000年—公元前4000年)、崧澤文化(公元前3800年—公元前3200年)、良渚文化(公元前3300年—公元前2000年)和馬橋文化(公元前1900年—公元前1200年),另有唐宋時期(618年—1279年)遺存。
1961年1月,南京博物院在太湖地區(qū)進行考古調(diào)查時,綽墩遺址被發(fā)現(xiàn)。
20世紀80年代,當?shù)卮u廠在綽墩遺址取土,逐漸將綽墩遺址夷為平地。
1982年7月30日—8月7日,南京博物院在昆山文化館配合下,對綽墩遺址進行了試掘,試掘面積111平方米。
1998年,蘇州博物館和昆山市文物管理所聯(lián)合組成考古隊對綽墩遺址進行了搶救性考古發(fā)掘。
1999年11月8日—12月24日,蘇州博物館和昆山市文物管理所聯(lián)合組成考古隊對綽墩遺址進行了第2次搶救性考古發(fā)掘。
2000年10月18日—2001年1月15日,蘇州博物館和昆山市文物管理所聯(lián)合組成考古隊對綽墩遺址進行了第3次考古發(fā)掘,發(fā)掘面積540平方米。
2001年,蘇州博物館和昆山市文物管理所聯(lián)合組成考古隊對綽墩遺址進行了第4次考古發(fā)掘,發(fā)掘面積380平方米。
2002年秋—2003年春,蘇州博物館和昆山市文物管理所聯(lián)合組成考古隊對綽墩遺址進行了第5次考古發(fā)掘,發(fā)掘工作分2期,總發(fā)掘面積1128平方米。
2003年底—2004年春,由蘇州博物館、昆山文物管理所、中科院南京土壤研究所、蘇州土壤肥料站聯(lián)合對綽墩遺址進行了第6次考古發(fā)掘,發(fā)掘工作分2個階段進行,發(fā)掘面積720平方米。
綽墩遺址東西長500米,南北寬800米,占地面積35萬平方米。在綽墩遺址東北部的斷崖和西部取土的斷面上暴露出了文化層,內(nèi)含陶片雖不豐富,但文化層次的迭壓關系清楚。第1層為擾土層,厚約0.5—1米,色褐黃;第2層,自0.5—3.8米,厚約3米左右,土色灰黃,夾紅燒土屑;第3層,自3 .8—5米,厚約1.2米,土色淺灰,較松軟;第4層,自5—6米,厚約1米,土色灰黑,松軟;第5層,6—8米左右,厚約2米,土色深灰,較松軟。
20世紀80年代,當?shù)卮u廠在綽墩遺址取土時,出土了良渚文化玉琮、石鉞等文物18件。
1982年,南京博物院聯(lián)合昆山文化館在綽墩遺址發(fā)掘良渚文化墓葬1座。
1998年,蘇州博物館和昆山市文物管理所聯(lián)合組成考古隊在綽墩遺址發(fā)掘,發(fā)現(xiàn)綽墩遺址包含了馬家浜文化、崧澤文化、良渚文化3個階段的遺存,清理崧澤文化墓葬27座、灰坑1個;良渚文化房址1座、灰坑4個、灰溝2條。出土了陶器、石器、玉器、骨器150件文物。
1999年,蘇州博物館和昆山市文物管理所聯(lián)合組成考古隊在綽墩遺址發(fā)掘,清理出良渚文化房址2座,在4號探方內(nèi)清理出崧澤文化房址1座,發(fā)現(xiàn)了土墻、居住面、柱洞、灶坑等遺跡,在馬家浜文化墓地東側發(fā)現(xiàn)了1組灰坑,坑內(nèi)發(fā)現(xiàn)了大型鹿角3件,完整鹿齒1件。
2000年10月18日—2001年1月15日,蘇州博物館和昆山市文物管理所聯(lián)合組成考古隊在綽墩遺址發(fā)掘,發(fā)現(xiàn)了馬家浜文化房址1座,灰坑1個,墓葬5座;崧澤文化房址1座,灰坑1個,水井1口;良渚文化房址2座,灰坑8個,祭臺1座;馬橋文化至東周灰坑14個,水井6口;唐代、宋代墓葬各2座,宋代水井2口,出土器物200多件。
2001年,蘇州博物館和昆山市文物管理所聯(lián)合組成考古隊在綽墩遺址發(fā)掘,主要發(fā)現(xiàn)了2座良渚文化的淺地穴式房址和這一時期的河道1條。在編號為F11的房址內(nèi)出土了1件通體刻有鳥紋的闊把黑皮陶壺和1件漆木碗。
2002年秋—2003年春,蘇州博物館和昆山市文物管理所聯(lián)合組成考古隊在綽墩遺址發(fā)掘,發(fā)現(xiàn)遺跡164處,重要的是發(fā)現(xiàn)了馬家浜文化時期24塊水田。這些水田是利用自然形成的低洼地或依地勢開墾的小塊農(nóng)田,旁邊還有用于灌溉的排水溝、蓄水坑等。在田塊土樣中淘洗出大量的炭化米粒,有長粒型、橢圓型等多種形態(tài),每克土樣的水稻植物蛋白石密度超過5000個。在164處遺跡內(nèi)出土了各時期的器物363件,有陶器、石器、骨器等。在300平方米的范圍內(nèi),又發(fā)現(xiàn)馬家浜文化時期水稻田22塊。
在綽墩遺址考古發(fā)現(xiàn)的土墻、居住面、柱洞、灶坑等遺跡,為研究當時的建筑特點提供了重要的資料。在馬家浜文化墓地東側灰坑發(fā)現(xiàn)的鹿角、鹿齒,對研究昆山“鹿城”的歷史有較高的價值。綽墩遺址3種史前文化地層疊壓清楚,代表了整個江南原始文化的發(fā)展序列,為研究長江下游史前文化提供了重要資料。在綽墩遺址考古發(fā)現(xiàn)的馬家浜文化時期水稻田,對研究中國水稻起源特別是栽培稻的起源有著十分重要的意義,同時,也對進一步研究馬家浜時期的氣候條件、自然環(huán)境、動植物的生存空間有重要意義。
2006年5月25日,綽墩遺址被中華人民共和國國務院公布為第六批全國重點文物保護單位。
2010年,江蘇省人民政府聯(lián)合中國文化遺產(chǎn)研究院對綽墩遺址分析與評估,確定綽墩遺址的保護原則、策略,劃定綽墩遺址文物保護區(qū)劃、環(huán)境規(guī)劃、展示利用、管理、考古工作等規(guī)劃要求,并編制規(guī)劃分期,制定《江蘇省昆山市綽墩遺址保護總體規(guī)劃》。