1951年輝縣人民在興修孟莊渠時發(fā)現(xiàn)鴕鳥蛋化石。經(jīng)中國科學院古脊椎動物研究室鑒定,屬于“安氏鴕鳥蛋”化石,距今時間已有50萬年之久。隨即中科院對孟莊進行決定輝縣悠久歷史上限時間的考古調(diào)查。經(jīng)實地勘察和反復考證,認定這里是以仰韶文化和龍山文化為主,兼有夏、商、周文化的古文化遺址。時代相當于新石器時代開始的標志。它標明大約在6000年前,這里就已經(jīng)有人群居住。
1992至1994年,河南省文物考古研究所又在此進行了較大規(guī)模的文物鉆探和考古發(fā)掘,面積達25萬平方米之多。在這次發(fā)揚中發(fā)現(xiàn)了龍山文化、二里頭文化(夏)及商3個時期的三疊土城。所發(fā)掘分析,三疊土城的形成是:龍山文化時期(約前3000)開始筑城。
自1992年7月至1995年上半年,考古工作隊連續(xù)對遺址進行了考古發(fā)掘。重要發(fā)現(xiàn)有仰韶文化遺存、龍山城址、二里頭城址、商代晚期城址等。
龍山城址位于遺址西北部,東城墻保存較好,長約375米,正中還發(fā)現(xiàn)城門,北墻復原長度340米左右,西墻僅殘存東半部,長約330米左右,南墻已被平掉,僅存南城河。二里頭時期的城址直接疊壓在龍山城址之上。殷墟時期遺存主要有城址、灰坑、水井、墓葬等,城墻僅在西墻及東墻處存有商代晚期修補的夯土。龍山、二里頭及商代時期三疊層是中原地區(qū)的發(fā)現(xiàn)。遺址內(nèi)裴李崗、仰紹、龍山、二里頭、二里崗、殷墟、西周各期都有人類居住,遺址內(nèi)還出土有大量各時期的遺物。
數(shù)千年一直都有人類居住,這種連續(xù)性反映了遺址位置的重要性。遺址的發(fā)掘為研究原始社會向階級社會過渡,夏商更替等主要歷史事件提供了重要資料,對研究夏、商文化的關系具有重要意義;為建立該地區(qū)的考古學編年序列提供了條件;也為研究各個時期的建筑藝術、文化面貌提供了新材料。
1963年6月20日,省人委公布“河南省第一批文物保護單位名單”,輝縣列入第一批保護的文物,被評為“94年全國十大考古新發(fā)現(xiàn)”之一。1986年,該遺址被河南省人民政府公布為省級重點文物保護單位,樹立了保護標志,劃定了保護范圍。2001年6月25日,孟莊遺址被國務院公布為第五批全國重點文物保護單位。